L’imponente Basilica Superiore fu iniziata nel 1228 da papa Gregorio IX e conclusa 25 anni dopo, grazie all’intervento dei migliori fra architetti e pittori dell’epoca che la resero un modello per la diffusione dello stile gotico in Italia.
La facciata a "capanna" è molto semplice, la parte alta si apre al centro in un grandioso rosone decorato ai lati da rilievi che raffigurano i simboli degli Evangelisti. Alla Basilica si accede attraverso il maestoso portale gotico. Nel Seicento, sul lato sinistro della facciata fu eretta la Loggia delle Benedizioni, proprio davanti all’imponente campanile, decorato da cornici e archetti.
Il progetto originario della basilica rispettava i canoni francescani ed era molto semplice, ma fu subito modificato per creare una struttura più imponente e regale, ispirata al romanico lombardo e all’architettura cistercense. Infatti si era deciso di trasformarla in una meta fondamentale dei pellegrinaggi “sponsorizzata” dai papi che vedevano nei francescani una via perché la Chiesa riconquistasse la fiducia dei ceti più poveri.
Così, per venire incontro alle esigenze dei pellegrini fu creata una chiesa ampia, decorata con rappresentazioni didascaliche della Bibbia, che potesse accogliere grandi folle di fedeli. Assisi diventò così una tappa fondamentale per tutti i pellegrini lungo il viaggio verso Roma.
Non è dunque un caso che la basilica sia composta da due chiese sovrapposte e che sia adibita alle funzioni liturgiche di carattere ufficiale, con il trono del pontefice nell'abside: la stessa composizione si ritrova nella Saint Chapelle di Parigi, che è una cappella papale.