Nonostante ogni edificio di Assisi celebri San Francesco, il Duomo della città è dedicato invece a San Rufino. Era il vescovo di Amasia, in Turchia e arrivò ad Assisi nel III secolo per predicare il Vangelo, ma scoperto e condannato fu gettato nel fiume Chiascio con una pietra al collo.
Il duomo fu costruito al di sopra del Foro dell’antica città romana di Asisium o forse sopra un tempio pagano dedicato alla Bona Mater. Secondo la tradizione, il popolo si contese le spoglie di San Rufino che si trovavano qui dal 412 con il vescovo Ugone, che voleva spostarle nella cattedrale di Santa Maria Maggiore.
I cittadini si opposero e diedero il via a una vera e propria gara di “tiro alla fune” con la cassa funebre del santo patrono. I sessanta uomini del vescovo furono battuti da soli sette uomini di Assisi. La vittoria fu vista come un prodigio, anche dallo stesso Ugone, che decise di trasformare la piccola basilica. L’ultima ricostruzione, che le diede la forma visibile oggi, fu iniziata nel 1140, ma venne consacrata da Papa Innocenzo IV più di cento anni dopo.
La piazza davanti alla chiesa ha una particolare forma a imbuto che avvicina la prospettiva della splendida facciata austera e maestosa, con tre portali sorvegliati da leoni e grifi scolpiti. È un capolavoro del romanico umbro, simile al duomo di Spoleto. È decorata con tralci a rilievo, figure allegoriche e animali mostruosi.
Un bassorilievo del XII secolo al di sopra del portale centrale raffigura Cristo in trono tra il sole, la luna, la Madonna che allatta e San Rufino. Nella fascia sopra i portali sono scolpiti animali mentre teste umane e zoomorfe sostengono le mensole; dalla galleria al di sopra sporgono quattro animali. Al centro della facciata si trovano tre rosoni: attorno a quello centrale sono scolpiti i simboli degli Evangelisti.
Alla sinistra della facciata la possente torre campanaria fu costruita usando come base una cisterna romana, ancora perfettamente conservata.
La cattedrale ha tre navate e non conserva lo stile originario, dato che l’interno fu completamente rinnovato nel 1571 dall’architetto Galeazzo Alessi. All’inizio della navata destra si trova l’antico fonte battesimale nel quale, secondo la tradizione, furono battezzati San Francesco e Santa Chiara e forse, nel 1197, anche Federico II di Svevia.
Gli altari all'interno sono ben dieci, alternati a statue di Profeti e sulla controfacciata si trovano due statue del 1800 che raffigurano Francesco e Chiara. La Cappella del Sacramento a destra, è barocca; l’abside custodisce uno splendido coro in legno intagliato del 1520 e un grande organo del XIX secolo.
Ma il luogo senza dubbio più suggestivo è la Cripta, ricavata durante le modifiche apportate dal vescovo Ugone e che corrisponde al presbiterio dell’antica basilica. Qui sono ancora visibili i resti delle decorazioni della chiesa dell’XI secolo, una sedia vescovile e, in corrispondenza dell’altare maggiore, un sarcofago romano del III secolo che custodisce il corpo di San Rufino.