La chiesa di Santa Maria Maggiore risale all’XI-XII secolo, ma fu costruita su un edificio paleocristiano, una casa romana trasformata in edificio di culto, che sorgeva a sua volta su un tempio pagano.
La facciata è molto semplice, suddivisa verticalmente. Sopra al portale d’ingresso si trova un rosone del 1162 firmato “Johannes” (forse Giovanni da Gubbio, lo stesso architetto che costruì la Cattedrale di San Rufino).
Originariamente la chiesa di Santa Maria Maggiore era la cattedrale di Assisi, ma il vescovo Ugone la trasferì a San Rufino.
L’interno è a tre navate, separate da pilastri. Sulle pareti sono sopravvissuti resti di affreschi che risalgono al XV-XVI secolo. La zona dell’abside fu costruita nel 1216: lo testimonia una lapide in cui compare il nome di San Francesco e quello del vescovo Guido.
La cripta è ciò che resta della chiesa precedente e conserva ancora capitelli di epoca romana e un sarcofago di IX secolo con una croce scolpita.