Arrivando da Borgo San Pietro, l’abbazia benedettina che dà il nome al quartiere è annunciata dall’imponente campanile romanico. La chiesa, che si affaccia sulla piazza, fu costruita nel X secolo dai monaci benedettini, come testimoniano i documenti e fu restaurata più volte fino alla ricostruzione definitiva nel XIII secolo. La facciata è rettangolare, divisa da una cornice; ha tre portali d’ingresso e quello centrale è affiancato da due leoni, mentre nella fascia superiore si trovano tre rosoni. La facciata culminava in un timpano, che però fu abbattuto a causa dei danni provocati dal terremoto del 1832.
L’interno della chiesa, restaurato nel 1954, ha tre navate; quella centrale ha una copertura in legno e le laterali hanno le volte a botte. Il presbiterio, rialzato con 5 gradini, si trova al di sopra di una cripta.La cupola è particolarissima, composta da 31 file di mattoni sporgenti, forse influenzata dallo stile provenzale.
Nel 1954, quando gli altari barocchi furono demoliti, vennero alla luce gli affreschi delle pareti. Sulla controfacciata della chiesa si trovano due monumenti funebri del XIV secolo. Sotto l’altare maggiore un sarcofago altomedievale custodisce il corpo di San Vittorino martire, terzo vescovo di Assisi e co-protettore della città.
La splendida cappella gotica del Santissimo Sacramento custodisce un prezioso trittico mentre nella cappella a sinistra dell’abside alcuni santi e scene di caccia affrescati, risalgono al XII secolo e sono frutto dell’influenza della cultura di Federico II.