Palazzo Ducale era anche il luogo dove si amministrava la giustizia e dove erano ospitate le terribili prigioni della città. A Venezia non era così difficile finire in carcere. Per essere arrestati, a volte bastava una denuncia anonima, infilata nella "Bocca per le denunce segrete", ancora visibile nella Sala della Bussola.
Le denunce, tutte le informazioni raccolte, gli atti segreti dei processi venivano depositati nella Cancelleria ducale, una splendida sala che aveva le funzioni di un vero e proprio archivio segreto.