Tra i tanti luoghi della villa per i quali si è indicata, a partire dal Rinascimento, una precisa identificazione con le località visitate dall'imperatore, quella del Canopo è l'unica denominazione certa, corrispondente a un centro egiziano, nei pressi di Alessandria, celebre nell'antichità per la sua sfarzosa vita mondana ma più direttamente e tristemente associato alla morte dell'amante di Adriano, il giovane Antinoo, che vi annegò.
Il richiamo al Canopo egiziano, in realtà, non è un rifacimento vero e proprio, quanto, piuttosto, una sorta di citazione della memoria. Suggestivo bacino d'acqua, su cui si specchiavano architetture fantasiose e una serie di splendide statue, copie di antichi maestri greci o egizi, il Canopo culminava sul fondo con un ninfeo semicircolare, adibito a triclinio estivo (sala da pranzo), concepito come una sorta di grotta a conchiglia, la cui parete si articolava in una serie di nicchie e che era originariamente coperta da un'enorme volta a nove spicchi, alternativamente piatti e concavi - sul modello delle molte altre presenti in Villa.
La grotta era un elemento ricorrente nelle regge ellenistiche e divenne di gran moda presso i ricchi romani, come si può vedere a Pompei o in altri siti archeologici. Nelle ville imperiali, naturalmente, questi ambienti affascinanti e misteriosi acquistavano il carattere di vere e proprie architetture dalle dimensioni monumentali, come nel caso del Canopo.
Al centro della grotta vi era un bancone semicircolare, che serviva da letto per i commensali. Le pareti erano rivestite da pannelli in marmo, mentre al centro della semicupola, decorata a mosaico, si apriva una cavità nella montagna da cui sgorgavano getti d'acqua che confluivano nella vasca sottostante per poi scorrere in una serie di canali, intorno al bancone centrale. Sul lato ovest si trovava un locale probabilmente destinato a cucina, mentre sul retro vi erano vari ambienti tra cui due piccole latrine.
Sulla collina retrostante, alla quale si accedeva con due scale, è stato rinvenuto il bacino d'acqua che alimentava i giochi d'acqua. Al centro di uno dei lati lunghi del canale sono state collocate quattro Cariatidi, copie delle famose statue dell'Eretteo di Atene, insieme a due Sileni – i cui originali sono oggi conservati nell'adiacente Museo. Sul lato opposto al ninfeo, invece, è stata innalzata una parte del colonnato dell'Euripo, con le statue di Ares, Hermes e Athena. Si tratta in realtà di una ricostruzione ipotetica, che non ha avuto riscontri concreti nel materiale di scavo.
Il Museo è stato ricavato all'interno delle tabernae, sul versante occidentale della valletta del Canopo. Vi sono raccolte, principalmente, le sculture rinvenute in quest'area, tra cui gli originali delle quattro cariatidi esposte all'esterno, alte più di due metri, di cui sorprende l'eccezionale stato di conservazione, i due sileni canefori – cioè 'portatori di canestri' – le copie dell'Amazzone di Fidia e dell'Amazzone di Policleto, un coccodrillo di cipollino, dalla cui bocca zampillava l'acqua, una copia della Venere di Cnido (IV sec. a.C.), replica della più celebre versione ospitata dai Musei Vaticani e proveniente da un tempietto circolare situato all'estremità opposta della Villa.