I Musei Vaticani, con la loro eccezionale raccolta di opere d'arte, rappresentano uno dei più importanti musei del mondo.
Tra le opere dell'antichità vi sono pezzi di valore inestimabile, come l'Apoxyomenos, unica replica conosciuta dell'originale bronzo di Lisippo; l'Apollo del Belvedere, copia romana d'epoca imperiale di un originale greco; o il celeberrimo Laocoonte. Altra opera che impressionò notevolmente gli artisti del '500, in particolare Michelangelo, è il famosissimo Torso del Belvedere.
Ma lo splendido universo dei Musei Vaticani è frutto dell'unione di altri piccoli mondi, formatisi nel corso dei secoli per opera dei pontefici.
Il Museo Gregoriano Etrusco, fondato da Papa Gregorio XVI nel 1837, ospita i preziosi corredi frutto degli scavi effettuati in Etruria meridionale quando questa era ancora parte dello Stato Pontificio. Quando il controllo del pontefice sul territorio cessò, la collezione fu incrementata solo con acquisizioni di collezioni private. I materiali esposti vanno dal IX aI I secolo a.C.
Il Museo Gregoriano Egizio fu voluto nel 1839 da Gregorio XVI e raccoglie reperti egiziani acquistati dai papi alla fine del 1700 e statue portate a Roma in età imperiale, databili dal 2600 a.C. fino all'età Copta (641 d.C.). Di eccezionale fattura sono le statue in basalto nero a imitazione dello stile egiziano, provenienti dalla Villa dell'imperatore Adriano.
Il Museo Pio Clementino fu fondato da Clemente XIV e Pio VI perché custodisse capolavori greci e romani: dalle opere di Lisippo all'Apollo del Belvedere proveniente dall'Agorà di Atene, al celebre Laocoonte, racchiusi dalle splendide architetture del Bramante.
Il Museo Chiaramonti, prende il cognome di papa Pio VII che lo creò, e ospita circa mille pezzi fra sarcofagi, ritratti imperiali e statue di divinità, disposti su una lunga galleria allestita nel 1807 dallo scultore Antonio Canova..
Dopo numerose peripezie, durante le quali i capolavori furono spostati più volte all'interno dei Palazzi Apostolici, sorse la Pinacoteca Vaticana, inaugurata nel 1932 per volere di Pio XI. Fu edificata nell'ottocentesco Giardino Quadrato, isolata e circondata da viali, per garantire una luce ottimale, una conservazione accurata ed una fruizione godibile. Ma la collezione risale a Pio VI che intorno al 1790 aveva creato una prima raccolta di 118 dipinti che però nel 1797 furono in parte trasferiti a Parigi.
La prima idea di una pinacoteca aperta al pubblico si ebbe solo dopo la caduta di Napoleone, quando gran parte delle opere sottratte furono restituite allo Stato della Chiesa; ora i dipinti esposti sono 460 e vanno dal XII al XIX secolo. Sotto lo stesso splendido tetto sono racchiusi, solo per citare alcuni autori, Giotto, Raffaello, Leonardo, Tiziano, Caravaggio.
Il Museo Gregoriano Profano, originariamente istituito da Gregorio XVI nel 1844 nel Palazzo Lateranense, fu trasferito in Vaticano solo nel 1970. Custodisce originali greci, copie greche di età romana e sculture romane.
Anche il Museo Missionario Etnologico, inaugurato da Pio XI nel 1926, si trovava originariamente al Laterano. Si tratta di una rassegna di opere d'arte e testimonianze storiche provenienti dai luoghi più remoti del mondo raggiunti dalle missioni pontificie.