- Sala degli Affreschi -

Il ciclo pittorico degli affreschi è collocato in due sale a metà del braccio settentrionale. Nella prima, una serie di grandi fotografie in bianco e nero riproducono la collocazione originaria. Nella seconda, detta appunto 'sala degli affreschi', sono esposte le opere restaurate: il Trionfo della Morte, il Giudizio Universale, l'Inferno, la Strage degli anacoreti nella Tebaide - eseguite probabilmente da Buonamico Buffalmacco - il Paesaggio di Taddeo Gaddi, la Crocefissione del Maestro della Crocefissione.

Non rimane quasi più niente, invece, della più grande impresa pittorica di Benozzo Gozzoli, il ciclo delle Storie del Vecchio e del Nuovo Testamento, gravemente compromessa dall'incendio che si sviluppò in seguito ai bombardamenti del '44.

Le varie scene del ciclo furono illustrate da Domenico Landini, in un libro di incisioni pubblicato a Firenze nel 1812. Quest'opera, eseguita nell'arco di quindici anni, doveva rappresentare il massimo capolavoro dell'artista per la complessità del racconto, la ricchezza degli eventi rappresentati, l'attenzione alla descrizione del paesaggio e dell'architettura.